因應極端氣候挑戰，因地制宜綜合治水，打造永續城市，是各縣市首長的目標，黃偉哲市長就任以來，積極投入各區域淹水改善，包含菁寮、虎頭溪、三爺溪及六塊寮等多條排水，近年來減少淹水面積逾5000公頃，減少影響戶數近9000戶。
110年8月豪雨造成北門區三慈社區積淹水問題，南市府爭取中央經費及市配合款投入3040萬元治水預算辦理「北門區三寮灣部落排水應急改善工程」於今(112)年2月完工，黃偉哲市長也親自到三寮灣社區進行防汛視察，黃偉哲特別感謝中央及市議會的支持，讓治水工程能順利推動，市府將持續努力改善，讓沿海較低窪的地方，減少水災的發生。
黃偉哲強調，北門區一直是市府所關心的地方，市府團隊全力改善，首先三寮灣部落排水沿線提高護岸，避免外水回淹；再來原先抽水量能不足，現在擴大抽水設施，將原一秒鐘抽一公噸的水，加大為1秒鐘抽5公噸的水；其他包括強化排水路的修復養護、加強更新排水基礎設施等等，都將一步步進行，以改善沿海低窪地方積淹水情況。
水利局表示，為改善北門三慈社區一帶積淹水情形，黃偉哲市長責成水利局儘速改善，於111年爭取投入3040萬元辦理「北門區三寮灣部落排水應急改善工程」，其中經濟部水利署補助1380萬元，市府自籌1660萬元，新設4部1CMS（每秒1立方公尺流量）抽水機組，加上既有機組合計1CMS抽水量，整體抽水量能達5CMS增加4倍，另考量原埋設管線眾多不利維護，納入建置排水箱涵及攔污設施，減少相關設施耗損並延長使用年限。又，颱風豪雨期間常伴隨停電發生，現場亦配置緊急發電機組，可緊急供電15小時連續運轉無虞。
黃偉哲市長上任以來，對北門地區治水工作極為重視，陸續完成新圍、三寮灣等抽水設備更新改善，針對部落防護推動也不遺餘力，已完成雙春、北馬、舊渡子頭、白米、玉港及北門里22戶等積淹水改善，總提升抽水量達22cms、防護面積69公頃，投入改善經費5億3500餘萬元，未來水利局仍將持續爭取三寮灣聚落排水下游段護岸治理工程經費核定，讓台南市民面臨淹水風險降至最低，打造永續城市。